鸡舍消毒：杀灭和或消除传播介质中致病的污染物和微生物，使其达到净化处理。养殖中，消毒分为带鸡消毒、饮水消毒、环境和器具消毒。
A、饮水消毒就是控制水中的微生物繁殖。水源受污染后，水中会含有大量微生物，如大肠杆菌，这也是许多饲养场大肠杆菌难控制的主要原因，另外，饮水中加入大量葡萄糖，电解质，维生素，会造成管道里形成生物膜，这种生物膜多含有细菌分泌的粘液，这种粘液对细菌有保护作用，许多消毒剂对这种粘液不起作用，导致细菌大量滋生，危害机体。而且这种生物膜大量滋生还会降低水流量，及时清除这种生物膜后如果不采取适当措施，一段时间还会生长出来。饮水消毒的目标是清除水中病原微生物。消毒液进入肠道后不会区分有益菌还是有害菌，会杀灭帮助消化的有益菌，从而造成鸡只消化不良，带来一系列后果。因此饮水中加入大量消毒剂防治肠道病是愚蠢的一招。目前多用氯制剂，如漂白粉，这也是人用水常做的方法，剂量合适是安全的。但对饮水免疫有影响。但对于饮消毒水不建议使用，建议饮用合格水质，并在饮水中加入微生态和酸化剂，防止管道中细菌和生物膜滋生，并定期冲洗管道。顺便说一下，饮水卫生对生命来说是至关重要的
B、环境消毒：包括对空舍鸡舍消毒，外界走道的消毒。设备和人员的消毒。尤其是空舍的消毒，这是清除鸡舍内病原微生物的关键。但这个有一定要求和程序
到底消毒有没有作用，我们先分析环境消毒。空舍消毒是控制传染病传染给下批鸡，切断传染源的最有效方法。这个方法已被人们所认识并接受，只是里面的要求和细节容易被忽视。如熏蒸消毒，要求鸡舍温度不低于20度，湿度70%。这个前提条件人们就容易忽视，尤其冬季。还有消毒的前提是鸡舍必须清扫干净，人们也不容易做到
C、带鸡消毒：有多大作用，我们分析一下：现实中我们发现，很多的养殖场经常带鸡消毒，却没有控制住疾病的发生，有的鸡场不搞带鸡消毒，也养的顺风顺水。到底带鸡消毒有多大意义，这个值得我们深思。
首先我们分析疾病的来源;常见原因：
1、垂直传播。就是鸡本身带有病原，传给下一代的，这种疾病用带鸡消毒无法消除，理论上带鸡消毒只能减少潜伏期的鸡或者患病鸡传给相邻的鸡，也就是控制水平感染。
2、饲料和饮水传染。主要是经过消化道感染，带鸡消毒无法消除。
3、空气传染和水平传染：这个带鸡消毒理论上的确可以控制疾病通过这个途径感染，它可以减少空气中病原微生物的数量，我们知道鸡发病要具备两个条件：一是病原微生物的数量和毒力。二是机体抵抗力。降低病原微生物数量也是其中减少发病的一个原因。另外老的鸡场一般鸡舍和环境中有大量野毒，这些野毒不断的侵蚀感染机体，中和抗体，带鸡消毒也可以减少这些病原微生物，还有我们经常测试到阳性感染鸡不发病，就是因为机体抵抗力大于病原微生物的感染数量。